Masa inkubasi moluskum kontagiosum rata-rata 2-7 minggu, namun dapat berkisar antara 1 -6 bulan. Lesi yang timbul berawal dari papul yang sangat kecil yang terus bertumbuh sampai beberapa minggu dan mencapai ukuran dengan diameter antara 3 – 6 mm. Dalam keadaan yang jarang sekali, ukurannya dapat mencapai 3 cm, keadaan ini disebut giant moluscum.
Lesi dapat berkelompok atau tersebar, diskrit, halus, berbatas tegas, papul berwarna putih. Sering disertai dengan delle atau umbilikasi pada bagian sentralnya, terletak diatas dasar kulit berwarna kemerahan dan terkadang timbul reaksi eksematosa disekitar lesi. Lesi yang timbul bisa pecah secara spontan disertai dengan atau tanpa radang.
Lesi bisa muncul dimana saja pada kulit atau membran mukosa. Pada orang dewasa lebih sering muncul pada regio femoris, inguinal, gluteus, abdomen bagian bawah, genitalia dan perianal. Sedangkan pada anak-anak, lebih sering muncul pada daerah wajah, badan, dan ekstremitas, jarang sekali ditemukan pada telapak tangan, kaki dan membran mukosa.
Umumnya lesi yang timbul pada penderita kurang dari 20 lesi namun pada kondisi tertentu dimana kekebalan tubuh menurun atau ada gangguan fungsi imunitas jumlah lesinya dapat meningkat atau bahkan mencapai ratusan dengan ukuran yang lebih besar dan ,persisten, misalnya pada: sarkoidosis, leukimia limfositik, imunodefisiensi kongenital, defisiensi IgM selektif, timoma, pengobatan dengan prednison atau metotreksat, AIDS, limfoma maligna dan dermatitis atopik.